TUGAS TI : BIOINFORMATICS AQUACULTURE GERMAN

HAI, FISHERIES. i'm aquaculturist wanna share about bioinformatics from german.


Bioinformatics: Its Application And Perspective In Aquaculture 

Kita mengetahui dunia luar termasuk negara maju Jerman memiliki teknologi yang sudah sangat berkembang daripada negara indonesia. Mutlak untuk kita,untuk mempelajari perkembangan teknologi yang berkembang, khususnya dibidang aquaculture.

Bioinformatika merupakan aplikasi teknologi komputer untuk manajemen informasi biologi, sedangkan Ilmu Bioinformatika merupakan ilmu perpaduan antara biologi molekuler dengan ilmu komputer. Kebutuhan untuk kemampuan Bioinformatika telah dipicu oleh ledakan informasi genomik tersedia untuk umum yang dihasilkan dari Proyek Genom Manusia. Bioinmormatika diciptakan untuk penggunaan informasi genomik dalam memahami penyakit manusia dan identifikasi target molekul baru untuk penemuan obat. Dalam aliran informasi genetik dari urutan ke fungsi, informasi yang tersimpan diterjemahkan dua kali: pertama dari DNA ke mRNA dalam proses transkripsi, kemudian dari mRNA ke protein dalam proses penerjemahan. 

1.     Homology and Similarity Tools

Homologi Istilah menyiratkan hubungan evolusi umum antara dua sifat urutan DNA. Urutan homolog adalah urutan yang terkait dengan perbedaan dari satu nenek moyang. Dengan demikian tingkat kesamaan antara dua sekuens dapat diukur.

2.     Protein Function Analysis

Analisis fungsi Identifikasi dan pemetaan semua elemen fungsional ( baik coding dan non - coding ) dalam genom . Kelompok program memungkinkan untuk membandingkan urutan protein Anda ke sekunder ( atau diturunkan ) database protein yang berisi informasi tentang motif , tanda tangan dan domain protein .

3.     Structural Analysis

Alat yang memungkinkan Anda untuk membandingkan struktur dengan database struktur yang dikenal . Fungsi protein lebih langsung konsekuensi dari struktur daripada urutan dengan homolognya struktural cenderung untuk berbagi fungsi . Penentuan struktur 2D/3D protein yang sangat penting dalam studi fungsinya.

4.     Sequence Analysis

Alat yang memungkinkan Anda untuk melakukan lebih lanjut, analisis yang lebih rinci pada urutan permintaan Anda, termasuk analisis evolusi, identifikasi mutasi, daerah pengobatan air, pulau-pulau CpG dan bias komposisi. Identifikasi dan sifat biologis lainnya adalah semua petunjuk yang membantu pencarian untuk menjelaskan fungsi spesifik dari urutan Anda.

Alat bioinformatika yang digunakan dalam akuakultur

·        BLAST:

The Basic Local Alignment Search Tool ( BLAST ) untuk membandingkan gen dan urutan protein terhadap orang lain dalam database publik, kini hadir dalam beberapa jenis termasuk PSI - BLAST, PHI - BLAST, dan BLAST urutan 2. Ledakan khusus juga tersedia untuk manusia, mikroba, malaria, dan genom lainnya, serta untuk kontaminasi vektor, imunoglobulin, dan urutan tentatif konsensus manusia.

·        FASTA

Alat pencarian database yang digunakan untuk membandingkan nukleotida atau urutan peptida ke database urutan. Program ini didasarkan pada algoritma urutan cepat dijelaskan oleh Lipman dan Pearson. Algoritma pertama banyak digunakan untuk database kesamaan pencarian. Program ini mencari keberpihakan lokal optimal dengan memindai urutan untuk pertandingan kecil yang disebut " kata ".   
EMBOSS  

EMBOSS (The European Molecular Biology Open Software Suite ) adalah perangkat lunak baru dengan pake analisis khusus dikembangkan untuk kebutuhan komunitas pengguna biologi molekuler.   

Dalam EMBOSS Anda akan menemukan sekitar 100 program (aplikasi) untuk sequence aligment, pencarian 

database  dengan pola urutan, identifikasi motif protein dan analisis domain, analisis pola urutan nukleotida, analisis 

penggunaan kodon untuk genom kecil, dan banyak lagi. 

·        CLUSTALW

CLUSTALW adalah beberapa program dengan tujuan umum yang sama dengan BLAST untuk DNA atau protein. Ini menghasilkan biologis bermakna keberpihakan beberapa urutan urutan yang berbeda, menghitung pertandingan terbaik untuk urutan yang dipilih, dan garis mereka sehingga identitas, persamaan dan perbedaan dapat dilihat.

 

·        RasMol

Ini adalah alat penelitian yang kuat untuk menampilkan struktur DNA, protein, dan molekul yang lebih kecil. Protein Explorer, turunan dari RasMol, adalah lebih mudah untuk menggunakan program.

Java aplication in bioinformatics

Perl dalam Bioinformatika :
Perl juga digunakan dalam pengolahan data biologis. Salah satu contoh proyek perl adalah proyek BioPerl.

Bioinformatika Proyek :
BioJava :
The BioJava Proyek menyediakan alat Java untuk pengolahan data di Java

BioPerl :
Proyek BioPerl banyak modul untuk pengolahan data biologis.

BioXML :
Sebuah bagian dari proyek BioPerl, ini adalah sumber daya untuk mengumpulkan dokumentasi XML , DTD dan XML alat sadar untuk biologi di satu lokasi. 

aplikasi yang telah diterapkan dalam aquakultur salah satunya yaitu

"Comparison of splenic transcriptome activity of two rainbow trout strains differing in robustness under regional aquaculture conditions"

http://link.springer.com/article/10.1007/s11033-012-2252-1

sumber : http://aquafind.com/articles/Bioinfomatics-In-Fisheries.php